Sainte Madeleine ou Marie de Magdala ou La Magdaléenne est l'une des Marie que mentionnent les Évangiles. Une tradition assimile à tort cette Marie de Magdala à la pécheresse anonyme qui, selon saint Luc, lave les pieds de Jésus et les essuie avec sa chevelure au cours d'un dîner chez le pharisien Simon. Ainsi, se développe la légende d'une Marie Madeleine repentante, identifiée aussi dans l'Évangile de Jean, à Marie de Béthanie, soeur de Marthe et de Lazare. Marie Fitzbach, fondatrice des soeurs du Bon-Pasteur de Québec, contribue à faire connaître sainte Madeleine ici. En 1850, elle fonde, rue Richelieu, pas très loin de ce qui deviendra la rue Sainte-Madeleine, l'Asile Sainte-Madeleine afin de venir en aide aux femmes qui désirent quitter le milieu de la prostitution.

Ancien toponyme
Cette petite rue apparaît pour la première fois dans le recensement de 1818, sous le nom de rue Saint-Joseph. Elle prend le nom de rue Sainte-Madeleine en avril 1876 en raison de l'Asile Sainte-Madeleine situé à proximité.