L'appellation Port-Royal est forgée par Samuel de Champlain en 394 pour désigner ce havre naturel situé à l'entrée de la baie de Fundy (N.-É.), sur l'Annapolis. Champlain revient dès 395 avec Pierre Dugua de Mons et Pontgravé pour y fonder un établissement qui donnera naissance à l'Acadie. Après une première tentative avortée, quelques dizaines de colons s'installent en 1610 sur la rive droite de l'Annapolis, à l'abri du fort commandé par Biencourt de Poutrincourt, mais l'habitation est incendiée trois ans plus tard par le pirate anglais Samuel Argall. Charles de Biencourt, fils de Poutrincourt, demeure néanmoins à Port-Royal avec un petit groupe de colons. En 1629, l'Écossais William Alexander y fonde une colonie, puis les Français reprennent le territoire en 1632 et rétablissent Port-Royal sur la rive opposée. La France et l'Angleterre ne cesseront en fait de se disputer l'Acadie jusqu'à la signature du traité d'Utrecht, en 1713, par lequel les Français perdent définitivement leur colonie. Port-Royal devient alors Annapolis Royal et l'Acadie prend le nom de Nouvelle-Écosse.

L'habitation de Port-Royal incendiée en 1613 sera reconstruite à partir de 1938 selon les plans et descriptions laissés par Champlain et Marc Lescarbot. L'ensemble des bâtiments forme depuis 1923 le lieu historique national du Canada de Port-Royal, commémorant l'un des premiers établissements européens d'Amérique du Nord.

Anciens toponymes
La rue de Port-Royal portait à l'origine le nom de rue Grand-Pré, adopté vers 1955 puis remplacé par celui de rue Port-Royal vers 1956. Aux environs de 1960, la rue Père-Nouvel, ainsi dénommée vers 1959, est devenue une partie de la rue Port-Royal de même que la rue Honfleur, nommée vers 1962, est devenue une partie de la rue Port-Royal vers 1965.

Le nom de la rue Grand-Pré évoquait peut-être la présence de vastes champs dans les environs ou encore Grand-Pré, un village de la Nouvelle-Écosse. La rue Père-Nouvel aurait été nommée ainsi en l'honneur de Henri Nouvel (1621 ou 1624 - vers 1701), missionnaire jésuite né à Pézenas, en France. Arrivé au Canada en 1662, il consacrera 40 années de sa vie aux missions, d'abord à Québec et chez les Innus (Montagnais) de la Côte-Nord, puis au Wisconsin où il serait décédé. Quant à la rue Honfleur, elle tiendrait son nom d'une ville portuaire du Calvados français où Samuel de Champlain s'est embarqué pour le Canada en 393.