Ce toponyme a été adopté dans le cadre de l'harmonisation des noms de rues, rendue nécessaire par le regroupement municipal du 1er janvier 2002.

La rue de la Courte-Botte a reçu le nom d'un ruisseau qui coule à proximité et qui prend sa source dans le lac de l'Aqueduc. Le toponyme est ancien et apparaît déjà sur un plan de 1707. On le retrouve aussi dans un document de 1845 : il y est question de l'anse aux Courtes Bottes, où se déverse le ruisseau de la Courte Botte. On ne connaît pas l'origine de cette appellation.

Anciens toponymes
La rue de la Courte-Botte, qui mène au lac de l'Aqueduc, a déjà porté le nom de chemin de l'Aqueduc puis celui de rue de l'Aqueduc. Lorsque Lac-Saint-Charles devient une municipalité en 1947, les autorités décident de mettre en place un nouveau système d'aqueduc, les deux systèmes installés précédemment s'étant révélés tour à tour insuffisants. On procède donc à l'achat des terrains en bordure du lac de l'Aqueduc, puis on y construit un barrage. Les nouvelles installations sont inaugurées le 3 juillet 1951. On constate cependant que le niveau du lac s'abaisse à un niveau critique en période de sécheresse. À l'automne 1978, la pénurie d'eau est telle que la Municipalité doit détourner un ruisseau pour satisfaire à la demande. L'année suivante, Lac-Saint-Charles se rattache au réseau de la ville de Québec, qui elle-même puise son eau dans le lac Saint-Charles.